￭ 학력 및 경력
 

 2020-, 가천대학교 의과대학
 2010-2019, 연구관, 관장, 국립보건연구원
 2004-2009, 생물정보학 협동과정, 서울대학교
 1997-2001, 산부인과 전공의, 삼성서울병원
 

￭ 소개

중개 생물정보학(translational bioinformatics) 연구실에서는 생물정보학을 이용한 중개연구를 수행한다. 현재 중점적으로 연구하고 있는 분야는 다음과 같다.

1. 공개 기능유전체(functional genomics)자료를 이용하여 전유전체연관분석 (genome-wide association study)의 결과를 해석하고 질병의 바이오마커의 발굴이나 치료제 개발에 응용함

  A. 질병기전과 연관된 기능적 SNP (functional SNP) 예측하는 xAI (explainable AI) 모델 구축

  B. 구축된 모델과 약물 자료를 결합하여 약물 재사용 (drug repurposing) 예측 모델 구축

2. 서로 이질적인 의생명자료(오믹스, 생물학 데이터베이스 및 서지자료)의 통합분석을 위한 인공 지능기법의 개발

  A. Transformer모델을 이용한 멀티오믹스 자료 분석 방법 개발

  B. LLM (Large Language Model)을 이용한 서지 자료와 오믹스 자료의 통합분석 방법 구현

3. 오믹스 자료를 이용한 약물 재사용 분석, 특히 C-map (connectivity map) 방법과 유전자공발현네트워크 (gene co-expression network) 분석 방법의 통합모델을 통한 개인 맞춤형 약물 재사용 분석 방법의 개발

￭ 키워드

생물정보학, 중개연구, 공개 데이터베이스, 통합분석, xAI, transformer, 멀티오믹스 데이터, drug repurposing

 





￭ 최근 연구업적(2015- 현재)  (최근 5년간의 주요연구실적)

1. Cho SB. Comorbidity Genes of Alzheimer's Disease and Type 2 Diabetes Associated with Memory and Cognitive Function. Int J Mol Sci. 2024 Feb 12;25(4):2211. doi: 10.3390/ijms25042211.

2. Cho SB. Molecular Mechanisms of Endometriosis Revealed Using Omics Data. Biomedicines. 2023 Aug 7;11(8):2210. doi: 10.3390/biomedicines11082210. PMID: 37626707; PMCID: PMC10452455.

3. Paik H, Lee J, Jeong CS, Park JS, Lee JH, Rappoport N, Kim Y, Sohn HY, Jo C, Kim J, Cho SB. Identification of a pleiotropic effect of ADIPOQ on cardiac dysfunction and Alzheimer's disease based on genetic evidence and health care records. Transl Psychiatry. 2022 Sep 16;12(1):389. doi: 10.1038/s41398-022-02144-0.

4. Cho SB. Uncovering Oncogenic Mechanisms of Tumor Suppressor Genes in Breast Cancer Multi-Omics Data. Int J Mol Sci. 2022 Aug 25;23(17):9624. doi: 10.3390/ijms23179624.

5. Cho SB. Analysis of Gene Expression Microarray Data Reveals Androgen-Responsive Genes of Muscles in Polycystic Ovarian Syndrome Patients. Processes 2022 10(2), 387; https://doi.org/10.3390/pr10020387

6. A Genome-Wide Association Study of a Korean Population Identifies Genetic Susceptibility to Hypertension Based on Sex-Specific Differences. Cho SB, Jang J. Genes (Basel). 2021 Nov 16;12(11):1804.

7. Estimation of Gene Regulatory Networks from Cancer Transcriptomics Data Cho SB, Processes 2021, 9(10), 1758

8. Exome Chip Analysis of 14,026 Koreans Reveals Known and Newly Discovered Genetic Loci Associated with Type 2 Diabetes Mellitus. Seong Beom Cho, Jin Hwa Jang, Myung Guen Chung, Sang Cheol Kim. Diabetes Metab J 2020 Jul 28. doi: 10.4093/dmj.2019.0163.

9. Set-Wise Differential Interaction Between Copy Number Alterations and Gene Expressions of Lower-Grade Glioma Reveals Prognosis-Associated Pathways. Cho SB. Entropy (Basel). 2020 Dec 18;22(12):1434. doi: 10.3390/e22121434.

10. Chronic heavy alcohol consumption influences the association between genetic variants of GCK or INSR and the development of diabetes in men: A 12-year follow-up study. Jang HB, Go MJ, Park SI, Lee HJ, Cho SB. Sci Rep. 2019 Dec 27;9(1):20029.