￭ 학력 및 경력 

2007 공학박사 (전산학), KAIST
2007-2008 연수연구원, 정보전자연구소, KAIST
2008-2013 Post-Doc Fellow, Translational Genomics Research Institute
2013-2015 책임연구원, 삼성서울병원
2015-현재 부교수, 가천대학교 의과대학

￭ 소개

시스템생물학 연구실에서는 질환의 시스템적 이해를 목적으로 하는 생물정보학 연구를 수행하고 있다. 전산학 및 수학적 이론에 기반한 방법론 개발을 통해 다양한 오믹스 데이터로부터 생체 시스템의 상태를 추론하고, 그에 기반하여 최적의 질병 치료 방법을 유도하기 위한 연구를 수행하고 있다. 전통적인 실험 방법을 통하여 관찰한 생체 데이터 및 microarray, next-generation sequencing (NGS) 등과 같은 high-throughput 기법으로부터 얻어진 대용량 오믹스 데이터에 다양한 수학적 모델에 기반한 패턴 인식 및 추론을 적용하여, 질병의 상태를 생체 네트워크 레벨에서 정량적으로 모델링하고 이를 통해 최적의 치료 타겟을 도출하는 것이 목표이다. 시스템생물학 연구실에서는 이러한 정량적 모델 및 알고리즘 개발을 통해, 암과 같은 복잡한 유전체 기작을 보유한 질병 및 다양한 polygenic 질병을 환자 개인별로 세분화하여 치료 기법을 제안하기 위한 연구를 수행한다. 

￭ 키워드

중개생물정보학, 패턴인식, 생체네트워크, 치료타겟발굴, 암, polygenic disease 

 ￭최근 연구업적(2018-현재)  (최근 5년간의 주요연구실적)

1.     Transcriptome-based variant calling and aberrant mRNA discovery enhance diagnostic efficiency for neuromuscular diseases, Diagnostics, (2022) 59:1075-1081

2.     Mutational Characterization of Colorectal Cancer from Korean Patients with Targeted Sequencing, Journal of Cancer, (2021) 12(24):7300-7310

3.     Direct Measurement of ATP7B Peptides is Highly Effective in the Diagnosis of Wilson Disease, Gastroenterology, (2021) 160(7):2367-2382

4.     The lung microbiota in Korean patients with non-tuberculous mycobacterial pulmonary disease, BMC Microbiology, (2021) 21:84

5.     Identifying metastasis-initiating miRNA-target regulations of colorectal cancer from expressional changes in primary tumors, Scientific Reports, (2020) 10:14919

6.     Instruction of microbiome taxonomic profiling based on 16S rRNA sequencing, Journal of Microbiology, (2020) 58(3):193-205

7.     KEDDY: a knowledge-based statistical gene set test method to detect differential functional protein-protein interactions, Bioinformatics, (2019) 35(4):619-627

8.     Implications of publicly available genomic data resources in searching for therapeutic targets of obesity and type 2 diabetes, Experimental & Molecular Medicine, (2018) 50:43